یکی از سرفصلهای دفاعی کشور که طی بیش از یک دهۀ گذشته مکرراً مورد توجه قرار داشته و در کلیۀ اسناد بالادستی کشور مورد تأکید بوده، مبحث پدافند غیرعامل است. هدف پدافند غیرعامل که در حقیقت ترجمه و معادلسازی دفاع غیرنظامی است، کمینه ساختن صدمات وارده از سوی نیروهای دشمن (یا حوادث غیرمتخاصم) به تأسیسات حیاتی و زیرساختهای کشور بود.
با آنکه جنگ ۱۲ روزه وارد مرحله جنگ زیرساختی همچون دوران دفاع مقدس ۸ ساله نشد، صدمات قابلتوجهی به زیرساختهای صنایع نظامی و تأسیسات دفاعی کشور وارد کرد. همینطور بخش سایبری کشور، بهخصوص در زمینۀ بانکی، متحمل لطماتی گردید.
از طرف دیگر، مجموعه تمهیدات گستردهای که سازمان پدافند غیرعامل بهعنوان بخشی از زیرمجموعۀ ستاد کل نیروهای مسلح برای درگیریهای نظامی در نظر گرفته بود (از جمله در زمینۀ جنگ الکترونیک و اخلال مغناطیسی)، توفیق چندانی در منحرف ساختن پرتابههای دشمن متخاصم نداشت.
با آنکه بسیاری کارشناسان سازمان پدافند غیرعامل را متهم به کوتاهی نسبت به انجام وظایف خود در طول جنگ ۱۲ روزه کردهاند، اما پاسخ متقابلی از سوی حامیان این سازمان هم وجود دارد مبنی بر اینکه میان پدافند عامل و غیرعامل نیاز به توازنی وجود دارد که در طول تجاوز رژیم صهیونیستی بر هم خورده بود.
ارتقای سرعت عمل در جابهجایی تجهیزات منقول نظامی کشور، افزایش تولید اهداف کاذب و گولزننده برای دشمن، بهبود مقاومسازی داراییهای ارزشمند و اهداف بالقوۀ دشمن، و اقدامات مورد نیاز برای خنثی کردن فلجسازی نظام بانکی کشور از طریق افزایش تأمین اسکناس نقد، از جمله پیشنهادهای مطرحشده است.
